Pantanal conta a história entre duas famílias, os Leôncio e os Marruá que se entrelaçam no decorrer da trama. Entretanto, a partir da segunda fase, os elos serão unidos por Juma (Alanis Guillen) e Jove (Jesuíta Barbosa).
Na primeira fase, a história começa com Joventino (Irandhir Santos), pai de José Leôncio (Renato Góes), quando ainda era jovem passou uma noite com Generosa e o fruto desta relação nascerá José Lucas de Nada (também interpretado por Irandhir).
- Leia também: Saiba o que acontece no último capítulo de Pantanal
Mais tarde ele se envolve com Filó (Letícia Salles), e trata o filho Tadeu (José Loreto), como seu afilhado. Ainda antes da segunda fase do folhetim, ele se casa com Madeleine (Bruna Linzmeyer) irmã de Irma (Malu Rodrigues). Ambas filhas de Antero (Leopoldo Pacheco) e Mariana (Selma Egrei).
Juntos, José e Madeleine conceberam Jove (Jesuita Barboso). Depois de altas reviravoltas, Madeleine larga o marido levando o filho junto. 20 anos depois, Jove volta ao seu lugar de origem ao encontro do pai.
Do outro lado desta árvore tem a família Marruá Gil (Enrique Diaz) e Maria Marruá (Juliana Paes), que são pais de Chico (Túlio Starling) que acaba morrendo nos primeiros capítulos. Após uma passagem de tempo nasce a filha Juma Marruá (Alanis Guillen) que vem ao mundo na mesma época que Jove. Na terceira fase da novela, eles dois acabam se apaixonando.
